Fasilitas Masjid

Masjid, adalah icon yang harus dimiliki oleh seluruh sekolah Muhammadiyah. Karena dari sinilah, pendidikan tentang agama Islam dimulai. Tempat ini pula yang menjadi pusat dari kegiatan praktek keagamaan dilaksanakan. Begitupun dengan SD Muhammadiyah Wirobrajan 3. Masjid Muhajirin yang dimiliki oleh SD Muhammadiyah Wirobrajan 3 Yogyakarta juga berfungsi untuk mendukung penanaman nilai-nilai agama Islam kepada seluruh peserta didiknya. Tak hanya itu, masjid Muhajirin juga digunakan oleh seluruh warga sekolah juga masyarakat umum sekitar sekolah untuk pelaksanaan kegiatan-kegiatan ibadah mahdhoh maupun ghoiru mahdhoh.